自政变以来，司徒王允一直留在尚书台视事。
根据吕布在前线的推进进度，他不息地改换三辅地区的各级官员。短短一月之间，三辅的官员更迭多达两百余人，而其所用所出，多是出自于原司徒府。王允日以继夜地支配这些政务，也终于可以说，他对三辅地区的掌握，恐怕是董卓也不能相比的。
等到月末，司徒终于支到他念要的消息：吕布胜利攻占郿坞，并将董氏族人尽数族灭。这使得他长舒一口气，马日磾、士孙瑞等人也对司徒恭贺道：“攻破郿坞，董氏灭亡，总算是还世界一个朗朗天地了。”
但不料王允丝毫不睹欢喜，皮相严声厉色，竟说道：“董氏在朝三年，为祸的岂止是这些人而已？我们身为国家重臣，正要除恶务尽！请诸公千万莫要懈怠！”
王允这番话自是有他的事理。吕布已在书信中向他说明，攻破坞堡后董氏还有三人失落，不过三人年齿太小，难以成事，也不足为虑。慌张的还是在河东的牛辅军团，牛辅身为董卓仅存的女婿，是剩下的凉人自然的首领，一日不除牛辅，凉人便可能拥立牛辅为主，继而造反复仇，朝廷也便一日不能平和平静。
只是当如何除去，这却是一个问题。司徒与百官商量此事，他的本意底本是念让公卿与他联名上表天子，宣布牛辅为反叛，而后商议计策，如何派兵征讨。孰料朝会上他还未说出意睹，诸如赵谦等人的大部门朝官都说：牛辅在朝野里对我等还算和善，不如先招抚一番，若其识得大体，又何必妄动干戈呢？
寡人议论之下，很快连使者的人选都商议好了，等他们询问王允的意睹时，看睹的却是一副极为淡漠的脸色，这才让人反响反映过来：朝会开端后，司徒还没有注解态度。
显然王允不同意与招抚一事，但他看睹寡意难违，就说：“此事关系重大，先让我好好思量一番。”言下之意是此事暂且推后。这让参会的朝官有所失望，但转头念：好恶乃是人情世故，司徒既然敢冒性命危险，为国铲除祸殃，可睹心怀社稷，终究还是会以大局为重的。
但他们料念不到的是，王允一回家中，便又招来自己的亲族与亲信，与他们商议说道：“董卓经略朝堂三载，威行世界，满朝公卿皆受过董卓恩惠，心中真正怀有世界的，可谓寥寥无几了。
如今董卓虽死，可朝中余党却如竹根盘踞，他们如今虽假作投诚，可终究心念董氏，今日便念招抚牛辅，明日又意欲何为呢？一旦牛辅率兵过来，他们必将继续为祸！如今朝廷已下三辅，又有郿坞钱粮在手，已不惧外敌，当务之急还是要撤销内患啊！”
一旦司徒除去更多政敌，汲引的还能是谁呢？故而他的幕僚们对此都深为赞成，只有其子王景质疑道：“大人，如今是异常之时，大敌未除，我们还是当以抚慰为先啊。正如大人所说，董卓党羽寡多，可越是如此，就越容易激起内争，到那时又用什么抵御凉人呢？还请大人三思啊！”…
但王允手捻胡髯，果断地答说：“我连董卓都能诛杀，他的那些党羽，能力不能及董卓十一，又能有何作为？小子多虑了。”
于是定下了先铲除董卓党羽的方针，王允以为，董卓能够操作把持群臣，正是由于他们畏威而不怀德，自己合法暴起立威，令他们不敢再做两念。但从何开端着手呢？这确实让王允头疼了几日，但很快，有人给他送来一个极好的理由。
六月初两，皇甫坚寿向朝廷上书，自陈车骑将军皇甫嵩非是病重，而是两月前为董卓赐死，逼令他不得发丧，如今董卓既除，他向朝廷请求为父亲发丧，并盼望朝廷能够赠予父亲一个谥号。
这件事整个长安城都心知肚明，并且都因此惋惜不已，甚至可以说整个长安政变能够胜利，也都是因皇甫嵩被董卓赐死，而王允说服吕布叛乱的缘由，也正是“皇甫嵩”三字。现下皇甫坚寿挑明此事，也是盼望接这股潮流，能够给父亲留一个好的死后名。
百官都觉得这是理所应当之事。究竟皇甫嵩虽长久为董卓所用，但任职期间，尽职尽责，董卓凡是与人产生龃龉，他都持正相劝，不少士人因此才得以保存。且又有重创黄巾与西凉叛军的军功，虽有自爱过火之嫌疑，但对朝廷，也算仁至义尽了。因此，京官们在朝会上讨论，觉得追赠一个如景、昭的美谥也不为过。
但司徒却不同意，他坐在天子身侧的席位上，淡淡说：“景、昭未免过矣，应当再议。”
这是在朝会之上，士孙瑞、张喜等人事先都没有与王允商议过此事，此时听闻王允如此言论，心中都念，莫非司徒念给个平谥？于是第五儁先上前问说：“不知司徒欲以何为谥？”
“不如缪字妥当。”
谷这话顿时掀起轩然大波。名与实爽曰缪，意指言名美而实伤也。寡人本以为王允最多取一个平谥，却不料他竟直接选取了一个恶谥。这让许多朝官都难以接受，如司空淳于嘉就凶猛反对说：“车骑虽有小过，但有大功于朝廷，如何能于死后诽谤？我等能够延续至今，诛灭董贼，难道就没有车骑的遗泽吗？司徒过矣！”
可王允竟露出冷嘲的颜色，当寡攻讦道：“若当真是皇甫义真的遗泽，我哪里还敢起兵诛杀董贼呢？尔等可晓得，我为除去董卓夙兴夜寐，可皇甫义真坏了我几大事！”
于是司徒将自己这三年来，与皇甫嵩的往来一一陈述，说到皇甫嵩数次谢绝时，他言辞凶猛，显然对此耿耿于怀。而后更将自己陷害皇甫嵩与诛杀董卓的计划细节公之于寡。
他说完，朝会寡臣鸦雀无声。
沉默了好一会，五官中郎将蔡邕走上殿中，哀声前道：“小人为人做事，当大公至正，而百官身居高位，更当作世界之表率。司徒于异常之时行异常之事，除暴戾，兴忠孝，世界之人无不钦佩，都是因为司徒心怀社稷。但如今大业方兴未艾，正是要给世界显示品格的时候，司徒如何能以申白之术乱世界人心呢？还请司徒慎言啊！”…
他本欲再说多些，说大臣之间如此中伤构陷，太甚影响军心士气。凉人底本颇受皇甫嵩之死影响，都以为是董卓昏庸滥杀，故而士气随之低落；可如今司徒自己将这些公之于寡，他们便会认定是朝堂黑暗，士人欺辱太师，继而同仇敌忾，导致大义之名反在反叛手中。
可他直视王允那熊熊烈火般的眼神，终究将这些话吐下去了。
但这些话蔡邕不说，王允也能大白他念说什么，他拍着桌案，冷然道：“蔡公如此言语，是说董卓与皇甫嵩罪欠妥诛吗？”
蔡邕还欲分辩，王允一声断喝：“够了！”朝中百官都是一抖，寡人发急间，他急声骂道：“董卓猖狂，就是你这样的人太多！我每日支支幕府，睹尔等借着董卓的威风登上高位，尸位素餐，不思报国，反而助纣为虐。竟到现在还不悔改，尔等莫非以为，吾之刀剑不如董卓之快？”
说罢，他立即呼唤宫中侍卫，下令将蔡邕关入诏狱。这一切发生得太快，剩下那些原来还念劝谏一番的大臣们，如今也不敢言语，就转而注视着蔡邕。蔡邕年龄已大，发髻已是半白，身体也较为衰弱，如今戴上枷锁，才走上几十步，整个人便显得疲累不堪，以至于追随侍卫走下殿阶时，还必要侍卫搀扶，寡人心中顿生一种悲怆之情，不少人都低头不忍再看。
趁此机遇，王允又禀告天子，下令追责，将那些进入过董卓幕府，而又没有参与反董事宜的朝臣，一并革职问罪。而后又多拔擢被董卓罢黜的原袁氏掾吏，以注解自己对董卓旧党绝不姑息的态度。
当夜，太尉马日磾前往司徒尊府，对王允劝告：“人非圣贤，孰能无过呢？司徒这样苛求同僚，只会让人人自危，人心沦丧，这又是何必呢？即便如此，也不能在朝上直接逮捕蔡公啊！蔡公文坛领袖，士人仰慕，怎能如此处置？又有陈庭坚为亲，司徒如此处置，是念与并州结仇吗”
王允听得大不耐烦，看在马日磾也算是与他久长共过患难的情面上，他只是微作呵斥道：“翁叔怎么也说这种话？蔡伯喈若非文坛领袖，我还真不会如此处置，文坛领袖，世界表率，竟心怀董贼之旧恩，世界人当如何看待我等？刑乱国用重典，我必杀其以正世界！君勿复多言！”
到次日，又有大量士人上表求情，盼望王允能够暂缓对昨日朝臣的处置，最少也要从轻发落。而蔡邕自己也上表道歉，盼望暂受黥首刖足之刑，以续汉史，修史功成之后，再受死刑不迟。此中又有钟繇上书说：“蔡邕与陈冲有亲，司徒杀之，恐结仇于并州。”王允受此压力，这才略有转意，但他对于其余人等，就说不上仁慈了。
即不将书表全部驳回，也不公开处刑，但蔡邕还是下定决心，继续将相关人等关押在诏狱之内，在狱中隔绝饮食，又加以鼠虫侵害。
董卓生前经常使用诏狱关押犯人，入狱之人多达百计，但多还能在狱中生活数月，政变之后，生还者十之**。
而在王允治下，未过五日，除去蔡邕外，还有两十七名董卓幕僚入狱，皆死于狱中。
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